U prvom redu pozornost treba obratiti na tadašnja globalna politička i vjerska talasanja. Srednji vijek je vrijeme isprepletenosti Crkve i države, velikoga crkvenoga raskola, avignonskog sužanjstva papa, raskola u zapadnom kršćanstvu,… Polemike su se najčešće svodile na diskreditiranje suprotnoga tabora kao nevjerničkoga, apologetskim obranama vlastite pravovjernosti, a sve to ne shvaćajući ili ignorirajući činjenicu da je srž problema ustvari u političkim previranjima, ali s vjerskim posljedicama. Tako je najvjerojatnije bilo i s Crkvom bosanskom. Neupućenost Rima i ekspanzionističke težnje ugarskih vladara bile su razlog da se Crkva bosanska odvoji od Rima, tj. Katoličke crkve. Leon Petrović u svome posthumno objavljenome djelu Kršćani bosanske crkve (str.15) veli: „Povijesna je činjenica, da su odluke iz godine 1233. i 1247. bile sudbonosne za bosansku Crkvu i njezine vjernike: U tim godinama nestalo je biskupa u bosanskoj zemlji, nestalo je i nadzora od strane metropolita; bosanska Crkva, otrgnuta od zajednice s općom crkvom, postala je odsječena grana koja je sve više venula i sasušila se, dok  nije oko godine 1480. posve uginula.“

Glasine o hereticima u Bosni Rim je rješavao u sveobuhvatnim akcijama za univerzalnom i jedinstvenom Crkvom, ali su one do 1221. bile površne. No, tada u Bosni počinje zajednička akcija Rimske kurije, ugarskih vladara i ugarskih crkvenih prelata. Godine 1221. papa Honorije III. šalje svoga legata Acontija, koji uz pomoć kaločkog nadbiskupa Ugrina (ovome je ugarski kralj Andrija, uz kasniji papinski blagoslov, obećao Bosnu, Sol i Usoru) vjerojatno organizira križarske vojne u svrhu istrebljenja bosanskih heretika. Bosanska biskupija je izuzeta iz nadležnosti dubrovačke nadbiskupije; smijenjen je slavenski, te imenovan latinski bosanski biskup – Ivan de Wildeshausen, dotadašnji provincijal dominikanaca u Ugarskoj. Upravo taj prekid veza s Dubrovačkom nadbiskupijom i bio je sudbonosan, jer se bosanski biskupi nakon 1233. nisu imali gdje posvećivati, što je Crkvu bosansku u konačnici odvelo u šizmu. Nakon ostavke Wildeshausena, papa Grgur IX. pogoršava situaciju 1238. biskupom imenujući ugarskog benediktinca Ponsu. Konačni pečat na odvajanje bosanske biskupije od Rima udaren je 1247. – Inocent IV., naime, bosansku biskupiju jurisdikcijski stavlja pod nadležnost nadbiskupiji u Kalocsi, a 1252. za sjedište je odabrano Đakovo (tada pod upravom svete krune ugarske).

Nastalu prazninu među katoličkim pukom u Bosni popunila je Crkva bosanska, neovisna o Rimu i sa svojom administracijskom strukturom. Radilo se dakle  o pokušaju papinstva da latinizira ćirilo-metodijevsku tradiciju kod bosanskih biskupa. Kada su svi ti pokušaji propali diplomacija Rimske kurije i vojno-politički pritisci Ugarske stvorili su autokefalnu Crkvu bosansku. Paradoks je, kako naglašavaju S. M. Džaja i D. Lovrenović, činjenica da je Rim sve ove poteze radio u svrhu centralizacije moći, a rezultat je zapravo bio potpuno suprotan – gubitak biskupskog sjedišta u Bosni, tj. autokefalna Crkva bosanska.

Tako je i u slučaju Crkve bosanske jasno da su politički problemi daleko nadilazili teološke. Bila je to državna autokefalna crkva. Tako je djed (episkop) Crkve bosanske bio svojevrsni koronator bosanskih kraljeva, boravio je na njihovim dvorovima, pod svoju je zaštitu uzimao feudalce i pripadnike viših društvenih staleža, ta kao i oni nosio titulu gospodin.

Sumirajući možemo reći: Crkva bosanska je crkva kršćanske tradicije, jurisdikcijski odvojena od Rima i Carigrada kao centara velikih kršćanskih crkava. Bila je dakle neka vrsta opozicije službenim kršćanskim crkvama, ali ne i kršćanstvu kao vjeri.

O vjerskim stvarima i ceremonijama, te administracijskim uređenjem Crkve bosanske bavit ćemo se u sljedećem dijelu ovoga niza.